В 1907 году среди руководителей организации начались противоречия. В. М. Пуришкевич, занимавший пост товарища председателя, проявлял все больше самостоятельности в делах управления Союзом, оттесняя А. И. Дубровина на второй план. Вскоре он уже практически полновластно руководил организационной и издательской деятельностью, работой с местными отделами, многие лидеры которых стали его сторонниками. Поддерживали Пуришкевича в его властных устремлениях и некоторые учредители Союза.
На очередном съезде Союза русского народа, проведённом 15-19 июля 1907 года, по инициативе сторонников председателя Союза А. И. Дубровина, было принято постановление, предписывающее не считать действительным документы, не прошедшие одобрение председателя, направленное на пресечение самоуправства Пуришкевича, не считавшего нужным согласовывать свои действия с председателем. Конфликт завершился выходом Пуришкевича из Союза осенью 1907 года. Эта история получила продолжение на съезде Союза 11 февраля 1908 года в Петербурге. На съезде, собравшем множество именитых монархистов, группа «союзников», недовольных политикой Дубровина в организации, среди которых были В. Л. Воронков, В. А. Андреев и другие, обратились с жалобой к члену Главного Совета Союза графу А. И. Коновницыну, указывая на «диктаторское поведение» Дубровина, отсутствие финансовой отчётности в организации, и другие нарушения устава. Дубровин, оскорблённый тем, что его, основателя Союза, хотят отстранить от руководства, потребовал исключения оппозиционеров.
Вскоре последовали расколы и в региональных отделах. В марте 1908 года произошёл раскол в Одесском отделе Союза русского народа, приведший к исключению сторонниками А. И. Коновницына активного монархического деятеля Одессы Б. А. Пеликана с группой сторонников, в связи с обвинением их в клевете. В конце июня 1908 года раскол произошёл и в Московском отделе Союза. По инициативе группы учредителей отдела были отстранены от руководства в губернском Совете протоиерей Иоанн Восторгов и архимандрит Макарий (Гневушев). Председателем был назначен основатель московского отдела Н. Н. Ознобишин. Не согласные с таким решением, сторонники отца Иоанна Восторгова 2 ноября этого же года организовали свой независимый Московский Союз русского народа. Реакцией со стороны Главного Совета Союза русского народа стало зачисление новой организации в список враждебных и сугубо вредных.
Пуришкевич тем временем, объединившись с исключенными и покинувшими Союз русского народа участниками, 8 ноября 1908 года создал новую организацию — «Русский народный союз имени Михаила Архангела». После отделения от Союза Московского отдела во главе с Иоанном Восторговым Пуришкевич поспешил наладить с ним связь, поддержав его оппозицию Дубровину.
С течением времени обстановка в организации обострилась ещё более, что привело к окончательному расколу Союза. Камнем преткновения стало отношение к Государственной Думе и Манифесту 17 октября. Мнения союзников относительно этих явлений разделились. Лидер Союза Дубровин был ярым противником нововведений, считая что любое ограничение самодержавия несёт негативные последствия для России, в то время как другой видный монархический деятель, Николай Евгеньевич Марков, считал Думу положительным явлением, приводя в числе аргументов то, что раз Манифест является волей Государя, долг каждого монархиста подчинится ему.
Способствовала расколу и история с убийством депутата Государственной Думы М. Я. Герценштейна 18 июля 1906 года. Расследование по этому делу выявило причастность к убийству некоторых членов союза, в том числе Н. М. Юскевича-Красковского, и послужило поводом для многочисленных обвинений в адрес «союзников», в числе которых оказался и сам Дубровин.[4] Большую роль в развитии скандала сыграл бывший член Союза Пруссаков, дававший показания, и обвинивший в причастности к преступлению Дубровина (позднее подобные показания ЧСК Временного правительства дали Зеленский и Половнев). В это же время была произведена попытка отравления Дубровина. Он выехал в Ялту на лечение, где ему покровительствовал градоначальник генерал И. А. Думбадзе.
Тем временем в Петербурге произошёл «тихий переворот» в Союзе русского народа. В декабре 1909 года оппонентами Дубровина на должность товарища председателя Главного Совета был поставлен граф Эммануил Иванович Коновницын. 20 июля 1909 Главный Совет был перенесен из дома Дубровина в дом № 3 на Басковом переулке. Дубровину поступило предложение ограничить свою власть, оставшись лишь почётным председателем и основателем Союза, передав руководство новому заместителю. Постепенно с руководящих постов были вытеснены сторонники Дубровина, и стали издаваться новые газета «Земщина» и журнал «Вестник Союза русского народа» вместо «Русского знамени». Противостоящие стороны обменивались заявлениями и письмами, обличительными высказываниями, выпускали противоречащие циркуляры и постановления, собирали съезды и форумы, что продолжалось в период с 1909 по 1912 год, и в конце концов привело к полному размежеванию и раздроблению Союза. В августе 1912 года был зарегистрирован устав «Всероссийского дубровинского союза русского народа», в ноябре 1912 года власть в Главном Совете Союза русского народа перешла к Маркову. Также от центра откололся ряд региональных отделений, заявивших о своей самостоятельности. Раздробление крупнейшей монархической организации империи не могло не отразиться на имидже патриотов-«черносотенцев», доверие к ним в глазах общества понизилось, от участия в монархической деятельности отошли многие члены Союза. Многие ультраправые деятели того времени считали, что большую роль в развале Союза русского народа приняло правительство, и Столыпин лично.
В дальнейшем предпринимались неоднократно попытки к воссозданию единой монархической организации, но успеха так и не удалось достичь никому. Практически сразу после Февральской революции 1917 года почти все монархические организации были запрещены, а против руководителей Союза возбуждены процессы. Монархическая деятельность в стране была почти полностью парализована. Последовавшая затем Октябрьская революция и Красный террор привели к гибели большинства лидеров Союза русского народа. Многие бывшие «союзники» приняли участие в Белом движении.
