Капитуляция Видукинда и видимое замирение Саксонии не привели к завершению войны. Разоренный край упокоился только на время. Саксы не забыли старых обид и ждали возможности отомстить. Спустя восемь лет после поражение восстания Видукинда, в 793 году, Саксония снова запылала. Больше не существовало подстрекательства Видукинда, но саксонские племена тем не менее подняли восстание.
Восстание было масштабнее и кровавее, чем взрыв 782 года. Теперь война охватила не только Саксонию, но и соседние области. Саксы пытались наладить, и небезуспешно, взаимодействие с врагами Франкии — фризами, аварами и славянами. Мятежники сжигали построенные на месте языческих святилищ церкви, уничтожали или изгоняли священников и своих соплеменников, которые упорствовали в приверженности новой религии. Франкские гарнизоны, стоявшие в ключевых крепостях, были уничтожены.
Видукинд. Гравюра германского художника Вернера Грауля
В результате этой вспышки ненависти к франкам и христианам Карлу Великому пришлось начинать всё с нуля. Франкским войскам снова пришлось усмирять Саксонию, уничтожать непокорных, христианизировать население. Король Карл в это время готовился к войне с аварами. Не прерывая поездки по Дунаю, он сделал полукруг, повернул к Вюрцбургу, где отметил Рождество, затем прибыл в Франкфурт-на-Майне, где справил Пасху. Там с тал готовить к лету генеральный сейм. В августе 794 года он вместе со своим сыном Карлом Юным прибыл в Саксонию. Две франкские армии вторглись в саксонские земли. Саксы, видя, что их окружают, массами двинулись к Эресбургу, где принесли клятвы верности, дали заложников и были возвращены к христианству.
В этом походе, да и в ходе всей войны, франкский повелитель использовал славянских союзников — союз племен ободритов (бодричей), вместе с которыми Карл в 789 году совершил экспедицию в земли славянского союза лютичей («лютые»). Ободриты и лютичи постоянно конфликтовали, и Карл предложил помощь ободритам. Стратегия «разделяй и властвуй» себя оправдывала. Так, постепенно западная цивилизация начала завоевание славянских земель. Франки навели два моста через Лабу-Эльбу, форсировали реку и при поддержке союзников — саксов, фризов, ободритов и лужицких сербов, нанесли поражение могучему союзу лютичей, которые славились своим военным искусством. Лютичи (вильцы, волки) дрались яростно, но не смогли устоять против огромной армии противника.
В 794 году ободритов привлекли для войны с саксами, хотя разгром Саксонии приближал империю Карла к славянским землям, и поддерживать его было стратегической ошибкой. Будущее покажет, что ободриты сильно ошиблись, поддержав франков против саксов. Начало войны с саксами было неудачным для ободритов. В 795 году при переправе через Лабу около селения Люне (около современного Люнебурга) войско ободритов попало в засаду, устроенную саксами, и было разгромлено. Князь ободритов Вышан (под другим источникам — Витслав) погиб.
В течение пяти лет — 794-799 гг., Карл Великий вёл беспощадную войну на истребление, перед событиями которой побледнели ужасы восстания 782-785 гг. Война сопровождалась массовыми захватами заложников и пленных с последующим их выселением из Саксонии. Пленников обращали в рабов и вывозили во внутренние области королевства, отдавая крупным феодалам. Одновременно началось заселение опустошённых саксонских земель пришлым населением. В 795 году Карл Великий разорил саксонские земли между Везером и Эльбой, принадлежавшие союзникам нордальбингов, и переселил во внутренние районы Франкского государства 7 тыс. саксов.
Основное сопротивление оккупантам в этот раз оказывали северные саксы — нордальбинги. Здесь рядовые саксы особенно ожесточённо и долго сопротивлялись франкским завоевателям. Однако они подвергались ударам с двух направлений — против них вели наступление франки и ободриты. Тяжелая борьба шла несколько лет. Северные саксы мужественно сопротивлялись, но силы были неравны.
Едва Карл Великий в 795 году вывел армию, восстали саксы в Нордальбингии. Королю франков снова пришлось обратиться против саксов. Карл с сыновьями, Карлом Юным и Людовиком прочесали леса Саксонии вплоть до Нордальбингии, а затем вернулись в Ахен с заложниками и большой добычей. В конце лета — начале осени Карл организовал новый карательный поход, который поддерживала с моря отряд кораблей. В ходе этой экспедиции Карл массово выселял саксов во Франкию и заселял опустившие земли выходцами из Франкского королевства.
Кроме того, Карел Великий, как уже делал раньше, снова зазимовал в Саксонии и в ноябре 797 года разбил лагерь на Везере, в месте, которое назвали Герштель (с нем. «стоянка армии»). Здесь был построен новый город, построили дворец, где Карл расположился с семьей и свитой, церкви и дома. Франкская армия была расположена в Саксонии на зимние квартиры. Король Карл отпраздновал в новой резиденции Рождество и Пасху 798 года, принимал иностранные посольства, давал советы своим сыновьям, направлял уполномоченных, которые от его имени вершили суд в завоеванных областях. При этом Карл уже считал Саксонию частью королевства и издал в 797 году новый «Саксонский капитулярий», где смягчил режим террора, установленный капитулярием 785 г., где преступления против короля и церкви карались смертью. Было введено равенство саксов и франков перед законом. Кроме того, Карл Великий продолжил укрепление позиций христианства в области. Было учреждено несколько новых епископских кафедр.
Однако нордальбинги продолжали сопротивление. Они захватили франкских судей, заодно и послов, которые возвращались из Дании, и некоторых убили, остальных сохранив для выкупа. Весной 798 года Карл продолжил войну, опустошив земли между Везером и Эльбой. Одновременно удар нанесли его союзники — войско ободритов под началом князя Дражко. В 798 году произошло решающее сражение. В кровопролитном сражении на поле Свентана войско ободритов во главе с князем Дражко и королевским посланцем Эбурисом разгромило ополчения саксов. Сакс в этом сражении потеряли до 3-4 тыс. человек убитыми. Эта битва стала переломной, Нордальбингия была обескровлена. Сак Карл отметил это, когда в этом же, 798 году, принимая при своём дворе князя Дражко, он оказал правителю славян-язычников необычайные почести. В этом году Карл смог покинуть Саксонию, ведя за собой более полутора тысяч пленных, обреченных на казнь или рабство, так как по утверждению франкской хроники, это были «наиболее неверные из саксов».
Летом 799 года Карл Великий со своими сыновьями совершил ещё один поход в Саксонию. Сам франкский повелитель в этом походе большой активности не проявлял. Проведя генеральный сейм в Липпегаме, он остался в Падерборне, откуда направил Карла Юного для завершения покорения северных саксов. Карл Юный завершил усмирение Нордальбингии. Затем, когда сын вернулся, Карл вернулся во Франкское королевство, уведя с собой множество семей, распределив их между епископами, графами, аббатами и другими вассалами.
По информации поздних источников, Карл якобы на исходе войны собрал в Зальце саксонскую знать и заключил с ней «вечный мир». Однако это сомнительно. Мир было заключать не с кем. Силы Саксонии были исчерпаны. Наиболее непримиримые пали в боях, тысячи семей переселили во Франкское королевство, подальше от могил предков, священных рощ. Слабых поработили, и вскоре последний язычник принял крещение. Священные рощи и святилища уничтожили. «Освободившиеся» от саксов земли заселили франками. Возможность к сопротивлению Саксонии была полностью подорвана. Карл Великий применил стратегию древних восточных правителей, которые вырезали непокорных и тысячами выселяли оставшихся в живых в новые земли. Ставшие рабами, зависимыми крестьянами саксы в Франкии, в чужом окружении уже не могли сопротивляться. Они теряли смысл жизни и смирялись с положением рабов. В самой Саксонии оставшихся саксов «разбавили» переселенцами из Франкского королевства.
В 804 году Карл Великий поставил точку в длительной войне. Он переселил из Нордальбингии 10 тысяч саксонских семей во внутренние области франкского государства. Кроме того, наиболее непокорная Нордальбингия была передана союзникам — ободритам. Эта щедрость объяснялась просто: на рубеже VIII—IX веков франки впервые впрямую столкнулись с воинственными данами. В 804 году новый король Южной Дании (Ютландии) Гудфред собрал войско и флот в Слиесторпе (Хедебю), на границе с Саксонией, и планировал ударить по франкам. Теперь между данами и франками был барьер — славяне. Даны стали готовиться к войне с ободритами. Эта война обессиливала данов и ободритов, чем Карл Великий позднее и воспользовался.
Славяне не успели освоить Нордальбингию. Во время войны ободритов с данами, которые вступили в союз с лютичами, король данов Гудфред смог захватить несколько ободритских градов, включая и Рерик, главный торговый центр ободритов. При взятии этого города данами был убит князь Годлав (брат Дражко и отец Рюрика, Сивара-Синеуса, Трувара-Трувора). Одновременно славяне-лютичи разорили приграничные земли ободритов. Карл Великий формально поддержал союзников — выслал на помощь армию во главе со своим сыном Карлом Юным. Но приказал ему не усердствовать и без особой нужды в бой с данами не вступать.
Затем Карл забрал Нордальбингию, в которой ободриты ещё не успели закрепиться. Ослабленные поражениями ободриты не смогли оказать сопротивление. Вскоре эти земли были заселены христианизированными саксами. Кроме того, Карл по берегу реки Эльба создал две пограничные марки — Саксонскую и Датскую. Франки начали строительство линии оборонительных укреплений — т. н. Саксонский вал. Эти укрепления в будущем станут плацдармом для покорения славянских земель. Таким образом, ободриты, помогая Карлу подчинить саксов, фактически воевали со своим будущим.
