Большое внимание Союз уделял еврейскому вопросу, которому была посвящена отдельная глава в «Программе Союза Русского Народа»[7] . Деятельность союза была направлена на защиту русских рабочих и крестьян от имевших место, по мнению Союза, притеснений со стороны еврейских капиталистов, а также от экономической конкуренции со стороны евреев[1][8][9]. Также обеспокоенность у «союзников» вызывала возросшая активность иудейских организаций, деятельное участие иудеев в политике и революционном движении.
Среди членов союза существовали различные точки зрения на еврейский вопрос. Некоторые ратовали за полное лишение евреев всех прав и высказывали откровенно антисемитскую позицию. Так были настроены многие из главных идеологов Союза, такие как Георгий Бутми и А. С. Шмаков.[10] Издательства, подконтрольные Союзу, выпускали много литературы по еврейскому вопросу, в том числе «Протоколы сионских мудрецов». Другие придерживались иной точки зрения, и зачастую совпадая во взглядах с сионистами, в поддержке стремления евреев к обретению своего государства в Палестине[7]. В целом, Союз выступал против имевшего место в предреволюционное время смягчения законодательства относительно еврейского населения империи, а также за более жёсткое соблюдение дискриминационных законов, ограничивавших гражданские, политические и имущественные права евреев, при этом выступая за гражданское равенство в отношении всех прочих национальных меньшинств Российской империи[7].
Во время «Дела Бейлиса», судебного процесса по расследованию убийства русского мальчика, в совершении которого подозревали иудейскую общину[11], многие деятели Союза были убеждены в ритуальном характере данного преступления, и призывали к скорейшей расправе над евреями.[10] Депутаты Думы, близкие к СРН, обратились к министрам юстиции и внутренних дел с запросом, обвинявшем власти в бездействии при раскрытии этого дела. Ритуальное убийство утверждалось в нём как факт и приписывалось преступной секте, существующей среди евреев. Запрос, однако, был Думой отклонён.[12] Процесс по делу Бейлиса закончился в 1913 году полным оправданием обвиняемого.
Так как очень скоро после своего образования «Союз русского народа» стал самой массовой «черносотенной» организацией, практически все безобразия, в которых были замешаны монархисты стали приписывать «союзникам». Пользуясь тем, что многие члены Союза пропагандировали антисемитские идеи, либеральная пресса вменяла в вину Союзу организацию еврейских погромов и террористических актов против евреев. Такой точки зрения до сих пор придерживаются некоторые исследователи, хотя доказательств целенаправленной погромной деятельности со стороны Союза нет. Основные еврейские погромы были совершены ещё до образования Союза, что неоднократно подтверждалось как во времена активности организации, так и в поздних исследованиях.[13][14][15][16]
Осуждение погромной деятельности высказывали А. И. Дубровин, Иоанн Кронштадтский, и другие авторитетные монархисты, заявления о неприемлемости погромов печатались в официальных изданиях организации.[14][17] Председатель Главного Совета СРН Дубровин так говорил о погромах:
Погромы противны нам уже одной своей бессмысленностью, не говоря про дикую, бесцельную жестокость и разнузданность низменной страсти. Во всех погромах расплачиваются сами же погромщики (русские или вообще христиане), да и жалкие полуодетые, голодные бедняки-евреи. Богатое и всемогущее еврейство, почти без исключений, остается невредимым. «Союз русского народа» употреблял и будет употреблять все усилия не допускать погромов[18].
Хотя лидеры Союза официально никогда не одобряли ни еврейские погромы, ни террор против политических противников, в письмах, дневниках, частных беседах и публичных выступлениях некоторые видные члены СРН сочувственно высказывались по отношению к террору (Борис Владимирович Никольский[19]) или упрекали власти за то, что они не потворствуют погромам, как средству борьбы с революцией.
…"Здравомыслящие" градоправители упустили момент отвернуть русло революции и превратить грядущую трагедию в веселенький фарс жидовско-торгового погрома… Эх, и за что им деньги, чины и проч. дают!…— Иоанн Восторгов. "Воспоминания о февральской революции в Москве."[20]
Дж. Д. Клиер и Ш. Ламброза приводят слова Дубровина, произнесённые перед 300 членами одесской организации СРН:
