В начале 1659 г. Выговский пытался с помощью польских войск подчинить себе Левобережье, сильно тяготевшее к Московской Руси, но, наткнувшись на ожесточенное сопротивление верных Переяславскому акту казаков и русских отрядов, вернулся на дравый берег Днепра. Во второй половине года Выговский свова двинулся на Левобережье, на этот раз с сильной татарской армией. Под Конотопом татары, во главе с Выговским внезапно напали на русское войско кн. Трубецкого, которое совместно с верными казаками осаждало засевшего в Конотопе сторонника Выговского, Нежинского полковника Гуляницкого.
В битве под Конотопом (с. Сосновка) Трубецкой был разбит наголову, два воеводы попали в плен к татарам, а остатки войск кн. Трубецкого ушли в пределы Русского государства.
Конотопская победа отдала всю Украину-Русь в руки Выговскога. Но использовать победу и осуществить статьи Гадячского договора ему не удалось. Население почувствовало к чему клонится дело и стихийно поднялось против Выговского и его союзников — татар и поляков. Запорожцы, во главе с новым кошевым Иваном Сирко, сподвижником Богдана Хмельницкого, полковник Иван Богун, уманский полковник Михаил Ханенко, возглавили всенародное выступление против Выговского. Оставленный всеми, Выговский в сентябре 1659 года бежал с кучкой единомышленников в Польшу, а на его место, на старшинской раде, был выбран гетманом Юрий Хмельницкий. Так бесславно кончилась попытка польского агента Выговского возвратить Украину- Русь под власть Польши.
Сепаратисты и вся “школа” Грушевского, замалчивая неопровержимые факты предательства Выговского и искажая действительность, пытаются его представить, как украинского патриота, стремившегося к автономии, а потом и к полной независимости Украины-Руси. Немногочисленных приверженцев Выговского сепаратисты называют “украинскими автономистами”. В действительности же это была группа шкурников, преследовавших только свои классовые интересы, ради которых она пошла на сговор с Польшей. Статьи “Гадячского договора” красноречива подтверждают это.
Но Трубецкой, стоявший с русскими войсками в Переяславе, не согласился с этим избранием гетмана только группой старшины и пригласил Ю. Хмельницкого прибыть в Переяслав, где, при участии старшины, представителей казаков и населения, и состояллись формальные выборы гетмана Ю. Хмельницкого. Тут же были подтверждены статьи Переяславского акта 1654 года.