Наиболее часто встречающиеся побочные эффекты омега-3: тошнота, желудочно-кишечные расстройства и отрыжка "рыбой". Повышение риска кровотечения наблюдается только при очень высоких дозах, намного выше рекомендованных. Однако исследователь Harris, при анализе многих работ не обнаружил тенденцию к увеличению числа кровотечений после приема омега-3 в дозах до 6 г/д даже на фоне приема препаратов снижающих свертываемость крови (варфарин, антитромбоцитарные средства). В целом, побочные действия после приема омега-3 развиваются менее, чем у 1% пациентов.